Магистерская программа продолжает программу бакалавриата и рассчитана на 2-3 года. Обучение в Чехии по магистерской программе позволяет выбрать более узкую специализацию в рамках направления, выбранного на бакалаврской программе, или переквалифицироваться, сменив направление, факультет или ВУЗ. 

Поступление в чешский ВУЗ на программу магистратуры возможно при наличии законченного и подтвержденного бакалаврского образования. При поступлении будет предложено сдать экзамены по профильным дисциплинам выбранной специальности.

На магистерскую программу ВУЗы Чехии охотно принимают иностранных студентов, прошедших процесс нострификации. Важным моментом является то, что на некоторых специальностях (например, медицинских или юридических) не проводят разделение программ обучения на бакалаврские и магистерские программы, а готовят выпускников сразу по магистерским программам, т.е. через 5-6 лет обучения в Чехии по данным направлениям выпускники сразу получают степень «Магистр».

Обучение в чешском ВУЗе заканчивается сдачей государственного экзамена и защитой дипломной работы. После этого выпускник программы получает академическую степень «Магистр» или «Инженер» (вид степени обусловлен областью подготовки). Большинство выпускников после получения данной степени начинают трудовую деятельность