Докторская программа длится 2-3 года и является продолжением магистерской программы для тех студентов, которые хотят вести научную и образовательную деятельность по выбранной специальности.

Обучение в Чехии по докторской программе возможно при оконченной магистерской программе по схожей специальности.

Для поступления необходимо представить проект будущей научной работы, может потребоваться сдача профильных экзаменов. Обучение в ВУЗе по докторской программе заканчивается защитой научной работы и присуждением степени доктора наук. Высшее образование в Чехии завершается на этой ступени.